Az NB I-be visszajutva, ismét jelentős változások álltak be a klubvezetésben. A leköszönő Bérces László helyett Fenyves Péter alpolgármester lett a klub elnöke, ügyvezetőnek Dósa Mátyást, sportigazgatónak Szigli Istvánt, technikai vezetőnek pedig Varga Endrét nevezték ki.
Úgy tűnt, hogy rendeződnek a Videoton anyagi problémái, mivel Székesfehérvár önkormányzata felvállalta a klub konszolidációját, a csapatot működtető gazdasági társaságban újra kilencven százalékos részesedést szerzett, ugyanakkor megkezdte az üzletrész értékesítésének előkészítését is. Már a bajnokság befejezése előtt eldőlt, Csank János nem lesz tovább a csapat vezetőedzője, a megüresedett kispadra Csongrádi Ferenc ült, segítője Csató Sándor lett, akire játékosként is számítottak.
Ismét meg kellett erősíteni a csapatot
Hozzánk igazolt a védő Szalai Csaba és Hompoth Balázs, valamint a kapus Bíró Béla. Több csatár is érkezett, Vácról Havrán József, Siófokról Földes Gábor, Hajdúszoboszlóról Csehi Zoltán, valamint az MTK-tól egy évre kölcsönbe a román Nicolae Ilea. Ugyancsak az MTK-tól érkezett kölcsönbe a középpályás Csillag Krisztián. Az ifi csapattól két játékos került fel, a középpályás Tóth Balázs és a védő Trampler Kornél.
Távozók is sokan voltak. A kapus Németh Gábor, valamint a védő Marius Cheregi a Ferencvárosnál folytatta. A klub szerződést bontott a csatár Kiss Istvánnal, aki Dabasra igazolt, illetve a védő Kellner Zsolt kölcsönbe a Bodajk FC–hez került. Györök Tamás, és Fésű Gábor Veszprémbe ment, szintén kölcsönbe.
Szokatlan bajnoki kiírás – indul az alapszakasz
A 2000-2001-es bajnokságban nem csupán a létszámcsökkentés mértéke, hanem a bajnokság lebonyolítása is eltért az eddig megszokottól. 2000 nyarán úgynevezett kvalifikációs bajnokság rajtolt: az NB I mezőnyét két csoportra osztották, bajnokot nem hirdettek, csak kieső volt, és az ősz folyamán elkezdődött a 2000-2001-es bajnokság – immár 12 csapattal. Nekünk, először az alapszakasz „B”-ben kellett helytállnunk.
A Nagykanizsa elleni 2-0-ás győzelemmel kezdtünk, majd a Vasas DH ellen 2-2-es döntetlent játszottunk. Augusztus 4-én az Újpest látogatott Sóstóra. A rossz helyzetkihasználásunknak köszönhetően nagyarányú, 4-1-es vereségbe szaladtunk bele, úgy hogy a becsületgólunkat a 94. percben, Zombori által értékesített büntető jelentette. Egy hét múlva a Zalahús ZTE FC otthonában javítottunk, és ugyanilyen arányban, 4-1-re nyertünk. Földes Gábor kettő, Gáspár Endre és Lévai András egy-egy gólt szerzett.
A következő fordulókban ingadozott a csapat formája. 3-0-ra kikaptunk a Debrecentől, 1-0-ra a Nagykanizsától és 3-1-re az MTK-tól, ugyanakkor 2-0-ra legyőztük a Pécsi MFC-t és 1-0-ra a Vasast, majd jött két döntetlen, az Újpest és a ZTE ellen. Az alapszakasz két utolsó fordulójában jól játszottunk, mind PMFC, mind pedig az MTK Hungária csapatát 3-2-re győztük le.
Az alapszakaszt a csoport 5. helyén zártuk, így indulhattunk a november első hetében rajtoló 12 csapatos Borsodi Liga küzdelmeiben. Két, úgynevezett bónuszpontot is kaptunk az első szakaszban nyújtott teljesítményünk alapján, így a 10. helyről vághattunk neki a bajnokságnak.
Idény közben változott a keret
Az alapszakasz után, úgy ítélték meg a vezetők, érősítésre van szükség, így több érkező is volt. A DVSC-től igazoltuk a védő Balassa Pétert, a Nyírség-Spartacustól a csatár Ruszlan Csernijenkot, az Újpest FC-től a védő Kiskapusi Balázst és a csatár Korsós Attilát, a Nagykanizsától a középpályás Daniel Usvatot, a Szpartak Suboticatól a védő Dejan Viloticsot.
Eldőlt, hogy klubunk kölcsönad néhány játékost a fiókcsapattá előlépő NB I/B-s Siófok FC–nek. Így a védő Hosnyánszky Zsolt, a csatár Havrán József, a középpályás Bány Tamás, illetve Gyurováth Sándor kettős igazolással került a Balaton-partiakhoz. Ugyancsak kölcsönbe adtuk a Fóti SE-hez Lendvai Pétert, illetve a Balassagyarmati SE-hez Szilágyi Lászlót.
Az első mérkőzés rangadót hozott, és egy kis szerencsével nyerhettünk volna a Fradi ellen, de végül a 0-0-s döntetlennel reális eredmény született. Aztán meglepetésre, a Vasas ellen 2-0-ra nyertünk a Fáy utcában, majd legyőztük a Debrecent 3-1-re, illetve a ZTE-t 2-1-re. Az 5. és egyben utolsó őszi fordulóban szenvedtük el az első vereséget, a Győri ETO otthonában 2-1-re kaptunk ki.
A tavaszi kezdést az 5. helyen várhattuk.
Idénynyitó győzelemmel – újabb edzőváltás
A téli átigazolás alatt több érkező is volt. Brazíliából, a Friburguense AC-től igazoltuk a középpályás „Julinho” Cesar Gouveia Viert, a CF Zico di Rio Sociedade Sportivotól a csatár „Leo” Leonardo da Conceicao Sao Pedrot. A Lombard FC Tatabányától érkezett a középpályás Kovács Attila és a Ferencvárostól a csatár Rob Kornél.
Távozott a csapattól az FC Bihor Oradeaba a csatár Csehi Zoltán, a Pápai ELC-hez a védő Csordás Tamás, a Zalahús ZTE FC-hez Udvari Tamás. Visszatért az MTK-hoz a kölcsönben nálunk lévő középpályás, Csillag Krisztián, valamint a Nyírség-Spartacushoz a csatár Nicolae Cornel Ilea.
A Lombard FC Tatabánya ellen kezdtük a szezont. Idegesen és kapkodva futballoztunk, még az sem nyugtatta meg a csapatot, hogy a 29. percben emberelőnybe kerültünk. Számtalan ziccert rontottunk el, ráadásként kaptunk egy jogtalan 11-est is. A büntetőt, Milinte Árpád bravúrral hárította, így Földes góljával végül nehezen, de 1-0-ra nyertünk.
Az MTK elleni 2-1-es vereséget követően, az Újpestet fogadtuk majd 8 000 néző előtt. Már az első félidőben rendkívül masszívan védekezett csapatunk, de a támadójátékunk, a rengeteg pontatlan passz miatt nem volt elég hatékony. A szünet és Szélesi Zoltán kiállítása után aztán futószalagon alakítottuk ki a létszámfölényes támadásokat, amelyekből többet is értékesítettünk. Julinho kétszer, Németh és Csernijenko egy-egy alkalommal talált be, így 4-0-s fölényes győzelmet arattunk, és a tabella harmadik helyére ugrottunk.
A Sopron elleni botrányos és 2-1-re elvesztett mérkőzést követően, hullámvölgybe került a csapat, amelyet a Fradi elleni 5-0-s vereség zárt. Ez volt zsinórban a negyedik vesztes mérkőzésünk, ami végül Csongrádi Ferenc állásába került. A klub vezetése nem sokáig kereste az utódot, másnap már Várhidi Péterrel, az Újpest korábbi edzőjével meg is kötötték a szerződést.
Várhidi debütálása sem sikerült, a Vasas ellen 3-2-re kaptunk ki. A 30. fordulóban, a Győri ETO ellen győznünk kellett, hogy elkerüljük a kieső zónát. A sok sérülés és eltiltás ellenére lendületesen játszottunk, és megérdemeltük a három pontot; Korsós, Földes, Csató és Usvat góljaival 4-1 arányban győztünk. A következő két mérkőzés is sikeres volt, a Tatabánya ellen 3-1-re, az MTK ellen pedig 1-0-ra nyertünk.
A három győzelmet, három vereség követte, az Újpest FC, a Dunaferr SE, valamint a MATÁV Sopron ellen is kikaptunk. A vereségsorozat ellenére azonban biztosan elkerültük a kiesőzónát, mivel a DVSC, Kispest elleni döntetlenje végképp eldöntötte, hogy a Lombard FC Tatabánya mellett, a hajdúságiak búcsúznak az első osztálytól.
Az utolsó fordulóban a Kispest-Honvédot fogadtuk, és nagyszerű 4-1-es győzelemmel búcsúztattuk az idényt.
A bajnokságot végül 33 ponttal, 9 győzelemmel, 2 döntetlennel és 11 vereséggel a 8. helyen zártuk.
Arany Ászok Magyar Kupa – a döntőig meneteltünk
Az őszi remek szereplésnek köszönhetően tavasszal, a nyolcaddöntőben folytattuk a kupaküzdelmeket, ahol a Nyírség-Spartacussal kellett megküzdenünk a továbbjutásért. Végül Szatke öngóljával, és Csernijenko találatával 2-1 arányban győztünk. A negyeddöntőben a Vasas DH ellen nyertünk 2-0-ra, találatainak Usvat és Julinho szerezte. Az elődöntőben pedig Rob góljával, 1-0-ra győztük le a BKV Előrét.
A Videoton, 19 év után jutott újból a Magyar Kupa fináléjába. A Debrecen ellen, 10 000 néző előtt az Üllői úton játszottuk a döntőt. Az első félidő kiegyenlített küzdelmet hozott, ám a védekezésünk, különösen a második játékrészben katasztrofális volt. Mivel csak három védő állt Várhidi Péter rendelkezésére, így változtatni sem tudott. Ugyanakkor nulla nullánál, amikor Julinhot buktatták a 16-oson belül, a játékvezető nem ítélt büntetőt. Néhány perc múlva megkaptuk az első találatot, majd a második gól után ki kellett nyílnunk. Ekkor a játékunkban még benne volt az egyenlítés lehetősége, de a harmadik találat mindent eldöntött. Az viszont csapatunk tartását bizonyította, hogy 3-0 után is becsülettel küzdött. A végeredmény 5-2 lett, így a Debrecen nyerte a kupadöntőt.
