Egy nappal azután hogy eldőlt, a csapat az NB I-ben folytatja, Székesfehérvár önkormányzata létrehozta a Videoton FC Sportszolgáltató Kft.-t, amelyben a város 90 százalékos üzletrésszel rendelkezett. Továbbra is kérték a Videoton Holding Rt. támogatását, amelyet július első napjaiban meg is erősített a vállalat. Július közepén Dr. Bérczes Lászlót nevezték ki elnöknek, és Disztl László lett a szakmai igazgató, aki néhány nappal később bátyjára, Disztl Péterre bízta a klub fiatal kapusainak nevelését. Horváth Gábor technikai vezető felmondott, ezért ideiglenesen Németh János az U18-as csapat edzője látta el a feladatot. A klub elnöksége bizalmat szavazott Csongrádi Ferenc vezetőedzőnek, illetve segítőjének Szabó Józsefnek.
Stabilizálódik a helyzet, változik a keret
Vancsa Miklósért több külföldi együttes jelentkezett be, ám a csapat középpályása Székesfehérváron maradt, és az is eldőlt, hogy az MTK középpályása, Zsivóczky Gyula kölcsönjátékosként a klubban folytatja. Zoran Kuntics klubunk korábbi csatára 1+1 éves szerződést kötött, így visszatért Székesfehérvárra. Ugyancsak visszatért a Gázszer FC-től a középpályás Dragan Puskás, az NK Osijek-től Máriási Zsolt. Leigazoltunk két csatárt, a DVSC-Epona-tól Zoran Djurisicset, illetve a MATÁV FC Soprontól Lukács Zoltánt. Nálunk folytatta pályafutását a Stadler FC korábbi középpályása Lázár Mátyás, illetve a szintén középpályás Szilágyi László is. Felkerült az ifi csapattól a csatár Fogarasi Gergely, a védő Kellner Zsolt, Fésű Gábor és Mester Árpád, valamint a középpályás Szalai Tamás.
Többen távoztak is a csapattól. A középpályás Domján Attila, a csatár Pálfi László és Varga István a Csákvárhoz, illetve a középpályás Joszip Dulics, Dvéri Zsolt és Simek Péter a Gázszer FC-ez. A védő Magyar József és Szabó Béla, a középpályás Miklós Attila a Soproni Dreher FAC-hoz igazolt, a csatár Miklós Zoltán pedig a Tiszakécskéhez. Talapa János az MTK kölcsönben lévő középpályása visszatért a fővárosiakhoz. Kikerült a keretből a védő Rehák Viktor és a középpályás Császár Krisztián.
Nagy remények - ismét a tabella alján
Az első fordulót nagy várakozás előzte meg, a Kispest-Honvédot fogadtuk nyolcezer néző előtt. Végigtámadtuk a mérkőzést, ennek ellenére egy büntető értékesítésével, a rendkívül fegyelmezetten játszó vendégek 1-0-s győzelemnek örülhettek. Egy héttel később a Haladás otthonában 2-0-s vereséget szenvedtünk.
A III. Kerület zárt védekezését csak az első félidő végén sikerült feltörnünk, majd a szünet után hamar megszületett a második találat is. Ezt követően már sokkal bátrabban, és felszabadultabban futballozott a csapat, és jelentős, 5-0-ás különbséggel megérdemelten nyert. A találatok közül Lukács és Waltner kettőt-kettőt, illetve Tóth egyet jegyezhetett .
Augusztusban, a székesfehérvári önkormányzat a budapesti székhelyű Tracon kft-nek értékesítette 51 százalékos üzletrészét, amelynek értelmében az új befektető vállalta, hogy öt éven keresztül, évente ötvenmillió forinttal támogatja a klubot, illetve szponzorokat csábít a csapathoz. A jó hírek ellenére néhány nap múlva, nem csak az MTK elleni bajnokit buktuk el 2-1-re, de utána a Gázszer ellen is kikaptunk 2-0-ra.
A hetedik fordulóban a BVSC-t fogadtuk, és nagy fölénnyel, Zsivóczky, Vancsa, Máriási és Lázár találataival 4-1-re nyertünk. A rákövetkező héten azonban minket ért pofon a Debrecen otthonában, 5-0-ra kaptunk ki. Csongrádi Ferenc mérkőzés utáni nyilatkozatán már érződött, lesznek következményei a nagyarányú vereségnek. „Néhány játékosom csak a nevéből akar megélni, ezzel a hozzáállással nem sok keresnivalónk lehet. Sok az öreg játékos a csapatban, akik futás nélkül akarnak focizni.” – mondta. Majd néhány nap múlva bejelentették, a Debrecen elleni lélektelen játék miatt a klub visszatartotta a játékosok még ki nem fizetett prémiumát. Két mérkőzéssel később pedig, a Győr elleni 3-0-s vereséget követően elérkezett a menetrendszerű edzőváltás is, Csongrádi Ferenc helyére Verebes Józsefet nevezték ki.
Sajnos neki nem sikerült jól a debütálás, bár „Isten hozott Mágus!” feliratú drapériával köszöntötték a szurkolók az új vezetőedzőt, a ZTE elleni hazai meccsen 2-1-re kikaptunk. A mérkőzés után Verebes, Csucsánszky Zoltánt kérte fel pályaedzőnek, míg a kapusok edzője Disztl Péter lett.
Az edzőváltás sem hozott javulást, a hátralévő hat fordulóban mindössze egyetlen pontot szereztünk a Dunaferr elleni 4-4-es döntetlennek köszönhetően. Alig kezdődött el a mérkőzés máris eldőlni látszott, ugyanis tíz perc elteltével már három nullára vezettek a vendégek. Változtatott is Verebes mester, és a sérüléséből visszatérő Dragan Puskas helyett az ifista Kellner Zsoltnak adott lehetőséget. A havas pálya is komoly feladat elé állította a játékosokat, ráadásul a 43. percben jött az újabb vendégtalálat. A félidő lefújása előtt szépített csapatunk. A szünet után aztán átvettük a játék irányítását, és egyre jobban beszorítottuk a Dunaferrt. Előbb emberelőnybe kerültünk, majd a hajrában öt perc alatt egyenlítettünk. Verebes József mérkőzés utáni nyilatkozatában őszintén megmondta, 4-0-nál nem hitte, hogy döntetlenre hozzák a meccset. „Óriási dolog, amit a srácok véghezvittek!” – emelte ki.
Az őszi szezon végén az utolsó, 18. helyen állt a csapat, úgy hogy a 12 vereséggel szemben mindössze 2 győzelmet és 3 döntetlent könyvelhettünk el. A klub életében az egyetlen pozitívum Dr. Bérces László elnök híre volt: „A százmilliós adósságot sikerült lenullázni, nincs tartozás. Most már csak az eredmények hiányoznak. Azok, viszont nagyon…”
Újabb változások - de ezúttal nem sikerült
Nem csak a játékosállományban történtek változások, december 7-én Wittmann Gézát nevezték ki a csapat második pályaedzőjének, illetve Disztl László szakmai igazgató lemondott.
A klub féléves szerződést kötött az Újpestről érkező középpályással, Kozma Istvánnal, illetve leigazoltuk a BVSC-től a csatár Kiss Istvánt és a védő László Csabát. A Tiszakécskétől érkezett a csatár Mikóczi Krisztiánt, a Gázszer FC-től a középpályás Nagy Lajos és Vladimir Petrics, valamint a Soproni Dreher FAC-tól a szerb középpályás, Vladan Filipovics. Kölcsönbe érkezett a védő Kuttor Attila Diósgyőrből, csatár Barva Ákos és a középpályás Horváth Csaba az MTK Hungáriától. Az ifi csapattól felkerült a csatár Bobory Balázs.
A szabadlistára kerülők közül a Gázszer FC-hez távozott a védő Valdas Urbonas, a csatár Zoran Djurisics pedig hazatért Jugoszláviába. A csatár Fogarasi Gergely és a középpályás Dragan Puskas a Pécsi MFC-hez igazolt, a szintén középpályás Horváth Attila a Royal Goldavis Hévíz-hez, Lázár Mátyás a III. Kerületi FC-hez, a csatár Lukács Zoltán a BFC Siófokhoz, illetve a kapus Mitring István a MyPa csapatához. Zoran Kuntics bejelentette, hogy befejezi a labdarúgást, és az üzleti életben próbál szerencsét.
Két gólnélküli döntetlennel nyitott csapatunk. Előbb a Kispest Honvéd FC otthonában igen nehéz talajon, kisebbfajta iszapbirkózás után szereztünk jogosan egy pontot. Majd a Haladás csapatát fogadtuk Sóstón, de akárcsak Kispesten, itt is a sárdagasztás volt a jellemző.
Az első győzelmünket a III. Kerület ellen értük el, 2-1-re nyertünk. Majd a folytatásban a Gázszer FC és a Siófok elleni gólnélküli döntetlenek után, előbb a BVSC-Zuglót, majd a DVSC-Eponát is legyőztük 1-0-ra, ennek köszönhetően elkerültünk a kieső helyről.
Május közepén utaztunk az Üllői útra. Horváth Csaba kiállításával már a 13. perctől emberhátrányban játszottunk, de Milinte Árpád bravúrjainak köszönhetően a 73. percig tartottuk magunkat, amikor is egy szögletet Mátyus János fejelt a léc alá. Befejezés előtt öt perccel kaptunk még egyet, és 2-0-s verséggel távoztunk a Fradi otthonából.
A bajnokság záró fordulója a kiesésről döntött, amire a Vidi mellett a III. Kerület, a BTV-Siófok, a BVSC-Zugló is esélyes volt. A Vasas Danubius Hotels csapatát fogadtuk Sóstón. Az első félidő nem hozott gólt, de a folytatás már igen változatosra sikeredett. A vendégek kétszer is előnybe került, és mind kétszer egyenlíteni tudtunk, a 2-2-es döntetlen azonban kevésnek bizonyult ahhoz, hogy megőrizzük első osztályú tagságunkat. Mindössze egy gólon múlott a bennmaradásunk. A Siófok gólkülönbsége 17, míg csapatunké 18 volt, így a Balaton-partiak örülhettek, a Videoton pedig 29 év után kiesett az NB I-ből, bár reálisan nézve már öt esztendeje játszott a tűzzel – ezúttal megégett.
A csapat szurkolói a lefújás után nem mozdultak a lelátóról. Meg akartak bizonyosodni, hogy valóban egy góllal kapott ki a Siófok Debrecenben, és csapatunk így tényleg kiesett. A meccs krónikájához tartozik, hogy a mérkőzésen alatt nem működött az eredményjelző, a hangosbeszélő nem mondott be részeredményeket, de azért innen-onnan, leginkább a rádióból értesültek a drukkerek, hogy a Videoton elbúcsúzott az első osztálytól.
Samsung Magyar Kupa – kiesés a nyolc közé jutásért
A Magyar Kupában négy sikeres fordulót követően, a legjobb 16 közé jutottunk, majd a nyolc közé kerülésért tizenegyes párbajban véreztünk el a Haladás ellen.