Bár már mutatkoztak a mesterséges csapatösszeolvasztásból adódó feszültségek, az FDSE az 1949-50-es bajnokságot változatlan formában, az NB III-ben kezdte meg. Továbbra is bő keret állt Gábor Sándor, később pedig Mák Lajos vezetőedző rendelkezésére, ezért nem okozott problémát, hogy az MLSZ az átigazolási időszakot nem terjesztette ki az NB III-ra, így egyetlen új játékost sem igazolhattunk le. Meglehetősen változó összeállításban szerepelt a csapat a szezon folyamán.

A 7. fordulót követően a klub anyagi gondjai miatt a Magasépítő vállalat szállt be névadóként. Egy meccset FDSE-Magasépítő néven játszottunk, ezt követően pedig Székesfehérvári Magasépítő Vállalat SE-re változott a név (ebből alakult ki később riválisunk, a Székesfehérvári Építők). Az SzMVSE az NB III-as idényt az 5. helyen zárta.

Mindeközben a Vadásztölténygyár csak ifjúsági csapatot indított a városi bajnokságban, a gyár csapata pedig egy-egy barátságos meccsen mérette meg magát. A tavaszi szezonban aztán újjáalakult a Vadásztölténygyári csapat, március 10-től immáron Vasas néven szerepeltünk. A tavasszal az Egyfordulós bajnokságban vettünk részt és rengeteg barátságos találkozót játszottunk.

Akik biztosan itt folytatták: Mák László, László, Nagy K., Boldis Antal, Berta II., Berta B., Nardai Antal, Tóth, Falvai Károly, Révész, Noficer, Németh és Horgos voltak.